本選発表会について
- 8月1日午前9時3F実習室に集合
- 約1時間程度で発表資料作成.紙あるいはPowerPoint.どちらも作成後,一旦回収.
- 以下のアンケート内容をメール送付.あて先 supercon@gsic.titech.ac.jp
1.プレゼン資料の構成について
プレゼンは5分なので簡潔に.一つのテーマを一つのシートに.図を使い分かりやすく.
- 自己紹介(1枚)
- 採用したアプローチ・アルゴリズムの説明(数枚)
- 並列化に関し工夫した点(数枚)
- 評価(1枚)
- コンテストに参加しての感想(1枚)
2.アンケート内容
- チーム名,氏名,メールアドレス
- コンテストの運用形態に対するコメント
- 問題に対するコメント
- コンテストに参加しての感想
- コンテストを知ったきっかけ
- 連絡先メールアドレス
- その他
最終成果物についてのコメント
- 各チームは,ソースファイル(チーム名.c)のみを,
スパコンmpp上のチームHOMEの下ディレクトリfinalの下に置くこと.なお,審査側は,
コンパイルオプション: cc -64 ソースファイル out.o -lmpi,
実行オプション: mpirun -n 64 ./a.out でテストする.
- 1プロセッサのみで実行する必要があるチームはfinalの下で,touch SINGLE を実行.
- 結果出力にはffopen, ffput, ffcloseを使うこと.それ以外の方法で出力したものは無効.
- 出力データの中にエラーがあった全体としてエラーとなります.
本選問題に対する変更およびコメント
本選問題の仕様に変更があります.変更およびコメントに関する
ファイルerrata.txtを参照してください.
なお今回の変更に絡み,若干の修正とエラーの修正をプログラムに
対し施しました.したがって旧バージョンを破棄し,以下のファイルを
お使いください.
(2003.7.28)
proteinsA.txt
(NCBIより転載)
を公開します.このデーターは最終審査で使うものと同一では
ありませんが,規模,性質の面で近いものとなっていますので参考にしてください.
Q&A
最終的に求めるものは何?
(2003.7.28) ファミリーを形成するたんぱく質の番号.インデックスは0から
始まるものとする.
データ出力はどのプロセスからも出してよいか
(2003.7.29)ランク0のみとしてください.
タンパク質の個数の上限が1600に指定されているがこれは仮定してよいか?
はい.
各タンパク質を構成する配列の最大長は3000と仮定していいか?
はい.
データの読み込みとファイルへの出力に一定の時間がかかるので,時間計測は
この部分を除いて設定してよいか?
MPI_Initializeの直後,MPI_Finalizeの直前に ffopen(), ffclose()を入れてください.
なお,MPI_Initializeはプログラムの最初に,また,MPI_Finalizeは最後に
置くように.つまり,MPI_Initializeの前に,ファイルのオープンや配列データ初期化等,
コストのかかる処理を置いてはいけません.
審査基準について.3回走らせた時,それぞれに答えが違った場合はどうなるか
まずすべて同じ答えの場合,実行時間の平均を採用する.答えが違った場合,答えの
平均を採用する.実行時間についても同様.
3回走らせた中で正しくない結果があった場合,どう扱うか?
現段階で未定.
プログラムで指定するデータファイル名は何にすればいいですか?
(7.30)
proteins.txt としてください.