AMBER11は、生体分子のシミュレーションを行うための非常に強力なSoftware suiteです。これらの中で、分子動力学シミュレーションプログラムであるpmemdは、マルチGPU対応がなされており、CPUでの実行に比較して高速な実行が可能になっています。この度、センターとしてAMBER11のGPU版プログラムの性能評価を行いました。queueへの投入方法に関しても簡単な例を示してありますので、是非、AMBER11のGPU版pmemdを使用してみて下さい。

http://www.gsic.titech.ac.jp/sites/default/files/AMBER11_GPU.pdf